En Cyberia encarnas el papel de Zak, un agente secreto de las Naciones Confederadas, que fueran creadas durante el declive nuclear. La jefatura de la compañía para la que trabaja le ha ordenado que desmantele un cornplejo formado en la antigua Siberia. Un informe ultrasecreto que ha sido interceptado, revela la formación de un mineral tan poderoso como inestable el cual ha sido creado a partir de la condensacion de toda la rodiactividad liberada por los cientos de centrales nucleares allí construidas.
La organización que ha edificado este complejo subterráneo;, al que ha llamado precisamente Cyberia, se ha propuesto encontrar y controlar el mineral, para abastecer todas sus naves de combate con armamento ilimitado, y así, dominar el mundo entero.

PRIMERA PARTE

EL DESEMBARCO

Tu primera parada en el camino hacia Cyberia es una plataforma situada en medio del océano Atlántico, en la que tienes aue cambiar tu vehículo actual por un Transfighter. Inmediatamente después de desembarcar de tu Hovercraft, descubrirás que estás en el puerto de la base. Una voz que suena desde un altavoz en el techo te dará instrucciones precisas de que te dirijas a la puerta de la derecha y que no merodees por allí o puedes acabar mal. Encamina tus pasos hacia el lugar que te han dicho y te encontrarás con Gia, otra agente de las Naciones Confederadas, que te dice a punta de pistola que te vuelvas hacia ella y desactives tu arma.
Haz lo que dice o de lo contrario no tendrá ningun reparo en abrirte un boquete en el pecho. Tras una corta conversación, os dan órdenes de que os dirijais al puente, pero mientras vais hacia allí, la base sufre un tremendo ataque aéreo. Gia te dice que le sigas y que te pases por la puerta de la derecha, con lo que entrarás en la primera secuencia arcade del juego.

LA TORRETA DE DEFENSA

Existen varios indicadores que te indican en todo momento el estado de tu vehículo, y la posición de los aviones enemigos
El radar, situado a la izquierda representa los puntos oscuros como objetos voladores, como Aircrafts, helicópteros y cazas, y los puntos gris claro, como minas y barriles explosivos que se acercan por el agua.
Las dos barras naranjas situadas en la parte inferior representan la cantidad de balas que te quedan y las columnas de la izquierda escudo y el nivel de daños.

¡LO QUE PUEDE HACER UN BESO!

Tras resultar victorioso, Gia se acercará a ti ofreciéndote sus labios. Puedes escoger entre rehusar su oferta, pudiendo dirigirte posteriormente al hangar para montarte en tu avión sin problemas, o bien darte un respiro y besar a la mujer.
Desde una cámara situada en el techo,Santos el General de la base, os ve, y celoso manda que te apresen. Haciéndote perder el conocimiento con una descarga en la yugular.

EL ALMACEN

Cuando despiertos, te encuentras atado con unos extrañas esposas a una silla y, delante de ti, Santos con un mando a distancia en la mano y diciéndote que te va a matar lentamente. Acto seguido pulsa un botón y sufres un descarga que te deja casi inconsciente, pero justo en ese momento llega Gia, que, defendiéndote provoca su muerte, y, aparentemente, la de Santos.
Consigues desatarte y reanudas tu camino hacia el hangar, no sin antes recargar de nuevo tu arma con la de Santos.
Tus pasos se encaminan hacia una escalera que te lleva a la parte superior del almacén, desde la cual puedes llegar al hangar.
Atraviesa la única puerta del: pasillo, e inmediatamente mira haciá la derecha para cerrar la puerta y evitar que te disparen por la espalda.
Acércate a las cajas y verás como un guardia de la base es informado de que Gia y Santos parecen muertos y que tú te estás escapando. Aguarda escondido y cuando veas que el guardia se percata de que estás allí, dispara. Corre hacia el Transfighter, vigilando los movimientos de otro guardia que ha llegado. Muévete justo cuando pase por detrás de las cajas que te cubren y acaba con él.
Una vez ya en la pista de despegue, inspecciona todos los rincones de la nace en busca de algo extraño. Encontrarás una caja metálica adherida al tanque bustible.
Utilizando tus Cybergafas descubrirás que es una bomba, que podras desactivar con la secuencia correcta.
Ya puedes entrar en tu aeronave, y prepararte para el peligroso viaje hacia Cyberia.

SEGUNDA PARTE

A BORDO DEL TRANSFIGHTER

El avión que tienes bajo tu control es, sin duda alguna, una de las más poderosas máquinas de guerra construídas hasta el momento. Con un sistema de pilolo automático asistido por ordenador y un programa de navegación totalmente actualizado, no tienes que preocuparte nada más que en acabar con los enemigos que se crucen en tu camino. El transfighter va armado con un cañón laser autorecargable y un escudo con reparación automática. Vas a tener que atravesar 7 peligrosas zonas antes de llegar a Cyberia.

TERCERA PARTE

EN EL INTERIOR DEL COMPLEJO
Puedes elegir dos caminos para entrar en Cyberia. El primero es por la derecha y es el menos aconsejable, ya que tienes que saltar a través de las aspas de un ventilador, cosa tremendamente dificil. El segundo es por la izquierda , donde tendremos que abatir a un guardia que nos ha visto.
La puerta que nos conduce al interior está protegida por una secuencia de interruptores que deberás pulsar en el orden correcto.
Aparecerás en un inmenso pasillo, con varias puertas. La primera por ahora no la atravieses, ya que no tienes posibilidades de sobrevivir. En vez de eso continua recto y llegarás a una gran compuerta cerrada con un código secreto.
Mira hacia la izquierda y encontrarás una caja con un teclado numérico. Utiliza la visión infrarroja de tus Cybergafas y  descubrirás el número secreto, pulsando los números de menor a mayor, según van saliendo.
La siguiente puerta es la sala de recreo de los guardias de Cyberia. Allí te encontrarás cara a cara con cuatro guardias.
Acaba primero con los que estan depie y luego con los que están sentados.
Continúa por el pasillo. La siguiente puerta es una sala de computadoras. Sólo puedes acceder a dos, pero una está estropeada. En la otra descubrirás unos mensajes grabados, siendo uno de ellos el más importante, pues te da el password de otro ordenador.
La habitación posterior es el dormitorio de la guardia. Un poster de Einstein te servirá de clave para una computadora que más adelante encontrarás.
Entra en la estancia contigua para encontrar una sala de reuniones en donde dos personas están viendo un documental acerca de los progresos conseguidos con el mineral. 
Al final, uno se va a por un informe, y ese es el momento en el que puedes acabar con el que se ha quedado solo.
Atraviesa la puerta por la que se fue el otro soldado y corre por el nuevo pasillo hasta la última puerta donde encontrarás otra habitación repleta de computadoras. Es el momento de utilizar el password que dedujiste en el dormitorio:
"Einstein"
En la pantalla aparecerán dos mensajes y una relación de los trabajadores de Cyberia, junto con un password para cerrar una puerta.
Sal de nuevo al pasillo y ve en dirección contraria. De repente, un soldado abrirá la puerta que se encontraba en medio de la estancia para lanzarte una granada. Dispárale antes de que la suelte y dirigete a la puerta, donde utilizarás el password que conseguiste antes.
Vuelve tus pasos hacia la compuerta que dejaste atrás y atraviésala. La estancia que hay hacia la izquierda no conviene cruzarla, pues te lleva hacia e1 ventilador. Dirígete hacia la enorme caja que hay en el fondo de la sala y empújala, con lo que encontrarás una puerta oculta.

EL VIRUS ENTRA EN ACCION
Súbete en el ascensor improvisado y atraviesa la puerta de enfrente. Muévete ahora con cuidado, pues en una sala con un cristal blindado, hay un científico pasando datos a un ordenador.
Sólamente en el momento en que esté tecleando podrás andar delante de él, porque si no activará el Sistema Halon, que envenenará el aire de la habitación.
De nuevo, un pasillo. Encamínate hacia la derecha y accederás a una estancia con un ordenador y una enorme cristalera que deja ver la habitación de un enfermo, en la que hay una tarjeta de acceso roja sobre la mesa. Activa la computadora y accede al control de los ventiladores de la habitación. Atraviesa ahora la puerta que está a la derecha de la que has utilizado para llegar a este corredor, con lo que sorprenderás al científico que está detrás de la vitrina blindada. Acaba con él y el peligro de envenenamiento también habrá finalizado. Vuelve hacia el pasillo del ascensor y mueve la reja de la izquierda y llegarás a un pasillo estrecho desde el cual podrás coger la tarjeta.
Ahora, retorna al corredor de antes, pero esta vez yendo hacia la izquierda, llegando a un enorme portalón que, de repente, se abrirá mostrando a dos guardias con metralletas láser. Pulsa hacia arriba para ocultarte en la puerta y acaba con ellos. A continuacián ve hacia la
izquierda y abrirás la puerta con la tarjeta de acceso.

EN BUSCA DE LA VACUNA
Para sobrevivir al virus Cyberia, tienes que inyectarte una vacuna especial para este caso. El problema es que sólo quedan tres y también han sido infectadas por el virus. Tienes que utilizar la computadora para liberar al antídoto de bacterias.
En modo fácil de arcade deberás acabar con al menos un 50% de la infección; en el modo intermedio, con un 72%; y en el modo difícil, con un 80%.
Ve hasta la última puerta del pasillo y entrarás en la zona contaminada. Allí descubrirás lo horrorosa que puede ser la muerte por este virus, así que, sin perder tiempo, vete hacia la computadora, introduce el número de una de las vacunas liberadas y entra en la cápsula de inoculación. Ahora que eres inmune a la enfermedad, ya puedes adentrarte en la zona infectada. Más adelante, descubrirás que los virus, gracias a los cuerpos humanos de los que se han alimentado, se han convertido en unas criaturas horrendas. Accede a la computadora con la que podrás controlar una máquina de desinfectacián llamada Charlie. Extermina todas las bacterias y llegarás a una nueva zona con una puerta hidráulica averiada. Para abrirla tendrás que accionar consecutivamente las válvulas para conseguir que coincidan en el centro, teniendo en cuenta que las más pequeñas son las que más lentamente caen, y viceversa.
Por fin, el mineral Cyberia. Pero las sorpresas no acaban aquí, pues lo que todos creían que era solamente una piedra es una criatura alienígena con inteligencia propia. Devon, tu jefe, te dirá que la destruyas, pero en vez de eso, acércate hacia ella, uniéndola a tu nave, con lo que tu poder de disparo es infinito, y accediendo así a la última fase de arcade, en la que lucharás cara a cara con el aparentemente muerto Santos, que no era más que un espía. Supera este nivel y disfrutarás del fabuloso final que sirve de colofón a esta genial aventura.