El tercer juego de la serie Last Ninja te pone en el papel de Armakuni,
el último Ninja. Él se debe enfrentar de nuevo en una batalla con el
malvado Shogun Kunitoki. La batalla se llevará a cabo entre los templos
del Tíbet, la fuente de la fuerza mística del último Ninja. El Shogun
tiene la intención de corromper estos templos budistas, para destruir
la fuente de poder de Armakuni y a su hermano Ninja. Armakuni debe
detener los planes del malvado Shogun.
El juego conserva la mezcla de combate de artes marciales (mano a mano
y con varias armas), rompecabezas que involucran varios objetos que
encuentras en tu camino, y navegar por los obstáculos. Sin embargo,
también introduce el Bushido, necesario para completar cada nivel.
Bushido se gana luchando honorablemente, luchando contra enemigos con
las mismas arma que ellos o en combate cuerpo a cuerpo, y no huyendo de
una batalla.
Los niveles corresponden a los elementos que se combinan para componer
el poder de un Ninja, la Tierra, el Agua, el Viento, el Fuego y el
Vacío.