Los Héroes Light y Pastel deciden salir y ayudar a una joven doncella a
recuperar a su padre científico, que al parecer se ha golpeado la
cabeza y se ha transformado en un genio maligno que busca la dominación
del mundo.
Como los otros juegos de la serie Pop'n Twinbee es un arcade de
disparos de desplazamiento vertical en el que tú y un amigo os poneis a
los mandos de Twinbee y Winbee, los cazas más cukis jamás creados, y
tratar de limpiar el escenario de enemigos con su armas. Al ser una
consola original en lugar de un puerto, Pop'n cuenta con una serie de
adiciones a la mecánica de juego, incluyendo una barra de energía, ocho
niveles de dificultad y una función de obstáculo a la hora de jugar con
un amigo (que hace que la mayoría de los enemigos se dirijan a un
luchador en lugar de al otro).
El sistema de actualización sigue siendo consistente con la serie de:
disparar campanas de colores que dan diferentes power-ups cuando son
recogidas, incluyendo múltiples disparos, "Opciones" y escudos de
energía.