Siguiendo las aventuras del primer juego Chocobo Dungeon, Chocobo y Mog
continúan la búsqueda de un tesoro. Un día, Mog descubre un nuevo
Calabozo misterioso y toma el tesoro de su interior. Esto libera un
sello que hace que aparezca el Bahamut y que los calabozos se sumerjan
en el océano. Chocobo es rescatado por un mago blanco joven, Shiroma,
que es la única vida humana en Monster Town. Chocobo y Mog deben ayudar
a encontrar al Bahamut y solucionar lo que haya sucedido en la Mazmorra
Misteriosa.
Chocobo Dungeon 2 es un simple juego de rol de acción del estilo
de otros juegos de la serie Dungeon Mmistery. Chocobo debe descender a
las zonas de las mazmorras solo o en pareja (controlado por la CPU o el
segundo jugador), reuniendo tesoros, mientras busca el pasaje para la
siguiente planta y satisface el hambre. El juego se ve desde arriba
hacia abajo ya que todos los objetos en la pantalla se mueven al mismo
tiempo. Chocobo puede equiparse con un elemento de arma y armadura
única, mientras que el nivel de hambre es satisfecho por el consumo de
diferentes tipos de frutos secos. Los hechizos se pueden recoger, y
hacerlos funcionar aumenta la competencia en ese hechizo. A diferencia
de otros juegos Dungeon Mistery, Chocobo mantiene su nivel y las
estadísticas entre viajes a las mazmorras. Jefes te esperarán al final
de la mayoría de los objetivos. Diferentes misiones secundarias están
disponibles de los residentes de Monster Town.