El juego ha sido producido, dirigido y escrito por los hermanos Wachowski, escritores y directores de la trilogía cinematográfica de The Matrix, lo que ha supuesto la más estrecha colaboración entre un editor de videojuegos y un estudio cinematográfico hasta la fecha.
El juego Enter the Matrix no sólo se desarrolla en el universo de Matrix, sino que es una parte integral de su experiencia y sigue los pasos de Niobe y Ghost durante el mismo lapso de tiempo que la película. En el juego también aparecen todos los personajes principales y originales de The Matrix Reloaded, incluidos Neo, Trinity, Morpheo, el Agente Smith y muchos más. Éste ofrece además un juego de disparo excelente, de retorcidas artes marciales así como de locas acrobacias y estilos de conducción.
En Enter the Matrix, actuarás como Niobe, el piloto más rápido de la flota, o como Ghost, un maestro de Zen experto en armas. Según sus opciones, te encontrarás con experiencias de juego totalmente diferentes. Además, el juego incluye múltiples géneros como la exploración, el disparo, la conducción, el vuelo y la espeluznante entrada en la misma Matrix.
Enter the Matrix proporciona aproximadamente una hora de secuencias cinematográficas de The Matrix jamás vistas hasta ahora - rodadas exclusivamente para el juego - con los mismos actores, escenarios y equipo de la popular película. Además, ofrece una hora de escenas cinemáticas, dirigidas por los hermanos Wachowski e incorporados en el motor del juego, que ayudan a narrar la épica historia de Enter the Matrix.