La historia de X-COM comienza en 1998. El argumento inicial se centra
en el aumento de informes de avistamientos ovni. Los cuentos de rapto y
terrorismo por los aliens desconocidos se extienden. Las naciones del
mundo llegan a percibir esto como una amenaza e intentan formar sus
propias fuerzas para hacer frente a este, como el Kiryu-Kai de Japón;
estas fuerzas fallan miserablemente: el Kiryu-Kai intercepta sólo un
OVNI en sus cinco meses de operación. El 11 de diciembre de 1998, los
representantes de algunas naciones más poderosas en el mundo se
encuentran en Ginebra, Suiza, para hablar del asunto. De esta reunión
nació la unidad XCOM (eXtraterrestrial COMbat unit), del cual el
jugador toma el mando durante el curso del juego.
El 1 de enero de 1999, la primera base del X-COM entró en operación,
dando inicio a lo que más tarde se conocería como la Primera Guerra
Alienígena - un período de tres años de duración. Cientos de OVNIes
fueron interceptados, pero las fuerzas enviadas para limpiar los sitios
de choque tuvieron muchas bajas. Las grandes ciudades fueron atacadas
por las fuerzas alienígenas, y en un punto las fuerzas alienígenas
incluso comenzaron a establecer bases en la tierra misma. A partir de
estos sitios, sin embargo, los valiosos conocimientos y artefactos se
recuperaron; los aliens de varias especies fueron capturadas,
estudiadas y, eventualmente, interrogados, y su tecnología se le fue
aplicada la ingeniería inversa y puesta a su uso por las fuerzas de
X-COM.
En los últimos años, el gran avance fue revelado-un interrogatorio
revelo que las fuerzas alienígenas estaban basadas en Cydonia, en Marte.