Invasores extraterrestres se acercan al sistema solar desde su
plataforma de batalla interestelar, llamada Fortress Balangool. Bajo el
mando del control maestro, llamado L-Brain, derrotan a las fuerzas
espaciales de la Tierra. Sólo un héroe, el Captain Commando permanece
para derrotar a la armada extraterrestre introduciendose en Balangool y
luchando a través de las diferentes secciones hasta llegar a la
sección-Z.
Section-Z es un juego de disparos de desplazamiento lateral en el que
el jugador debe viajar a través del laberinto que es Balangool.
Típicamente, esto consiste en viajar a través de un corredor de
desplazamiento y alcanzar el extremo donde se debe elegir una nueva
dirección. El Capitán Commando puede disparar directamente hacia la
izquierda o a la derecha mientras se mueve por la pantalla. Power-ups
pueden ser recogidos por abatir enemigos, e incluyen; láseres, un cañón
de 3 vías y el escudo mejorado, éstos se pueden almacenar hasta que se
necesiten. También hay power-ups, que requieren energía para utilizar
las unidades de energía, se utilizan para absorber el fuego enemigo. La
pérdida de toda la energía o chocar con un enemigo o una pared causa la
muerte.
Ciertas secciones de Balangool se bloquean hasta que un generador pueda
ser encontrado y destruido. Hay cuatro criaturas jefe diferentes que
deben ser derrotadas cuando se encuentran.