Bowser está de vuelta, y junto con sus hijos, que están dispuestos a
estropear el día de Mario una vez más.
Esta vez, además de pescar a la princesa, la tripulación de Bowser
también han tomado las varitas mágicas de los Reyes de cada tierra y
las han convertido en criaturas. Depende de Mario y Luigi devolver las
varitas mágicas, derrotar a Bowser y salvar a la princesa antes de que
finalice el día.
Viejos y nuevos power-ups abundan en cada nivel para los hermanos de
Mario, incluyendo el regreso del Super Mushroom y la Flor de Fuego,
además de los nuevos power-ups como el juego de la rana, la flauta, y
el más importante de todos, la hoja , que permite al jugador volar y
atacar a los enemigos con su cola.